基金合作協議可否將借款列為投資項目

不可以。根據《投資基金監督管理暫行辦法》第十二條規定，私募基金的合格投資者是指具備相應風險識別能力和風險承擔能力，投資於單只私募基金的金額不低於100萬元，基金是不可以通過借款進行投資的，私募基金對合法投資人作出了具體規定。