水利建設基金計入營業稅及附加科目。
支取時，貸方計入應交水利建設基金稅，借方計入相關營業稅。付款時，貸款人應劃撥相應的銀行貸款，借款人應支付水利建設基金。營業稅金及附加取代了原來的主營業務稅金及附加。
水利建設基金是專門用於水利建設的政府性基金。水利建設基金應按銷售收入計提和支付。各省市征收比例不同。