1950年10月16日成立南京市直屬休養所，地點在白下區朱雀路邀貴井14號，1953年4月遷至玄武區進香河路33號。 1953年8月，在鼓樓區廣州路215號建立100張床位的公費醫療幹部療養院。1954年4月床位增加到200張。 1954年8月撤銷公費醫療幹部療養院，建立南京市保健醫院，並將直屬休養所歸並保健院。 1956年3月，成立南京市結核病防治所，隸屬於保健醫院。 1958年4月15日，保健醫院擴建為南京市結核病防治院。 1982年8月27日，改建為南京市胸科醫院和南京市結核病防治研究所，編制床位400張，實行兩塊牌子，壹個機構，壹套班子。 1988年8月，成立醫uan院黨委。實行院長負責制，院、科兩級負責制。 1994年6月，中國癌癥研究基金會南京市胸部腫瘤治療中心、南京肺灌洗中心、南京鐵道醫學院（現東南大學醫學院）教學醫院掛牌。同年，中國醫藥信息學會心功能專業委員會心律失常研究會在院掛牌成立。 2001年7月，結核病的預防和流調任務劃歸為南京市疾控中心，防癆科工作人員隨之調入疾控中心。 2004年10月，醫院正式加盟鼓樓醫院集團。 2005年12月，鼓醫集團心血管病中心在院掛牌。 2008年，醫院核定床位由400張增加到500張。