專項審計報告是指註冊會計師根據中國註冊會計師審計準則的規定，在實施審計工作的基礎上對被審計單位的專門某壹項目款項的財務報表發表審計意見的書面文件。
專項審計報告應包括以下主要內容：
壹．說明部分
1．說明委托方名稱（被審計企業名稱）及委托目的（審計目的）；
2．說明會計責任、審計責任、審計依據。
二．企業及項目基本情況
1．企業基本情況，包括：公司名稱、註冊日期、營業執照頒發機構、註冊號碼、註冊資本，法定代表人、公司住所，經營範圍。
2．簡述項目情況。
三．基金項目合同及相關規定
1．項目申報時間、項目名稱、合同簽訂時間、立項代碼、取得創新基金資助金額及資助方式。
2．項目投資總額。
3．創新基金用途。
4．項目合同規定的各項經濟指標情況。
四．合同執行期間項目各項經濟指標完成情況
1．資金到位情況
2．資金支出情況
3．項目各項經濟指標完成情況
（1）項目實現銷售收入情況（按年度分列）
（2）項目成本情況
（3）項目繳納稅金情況
（4）項目應承擔的期間費用
（5）項目實現利潤
五．報告附註
1、會計政策註釋。
2、企業適用稅種及稅率。
3．主要財務指標註釋。