吉大正元承擔建設了十二個國家部委級CA中心、十六個省市級CA中心，國家級的主要有國家發改委、公安部、總參、國家質檢總局、信息產業部、國家宗教事務管理局、監察部、水利部、新聞出版總署、國家計算機網絡與信息安全管理中心、國家認證認可監督管理委員會、中國金融認證中心、深圳證券交易所、上海證券交易所等。
吉大正元堅持用市場培育開發，用開發推動市場的理念，在市場推廣取得成功的同時，加大科研開發力度，承擔了多項國家重點項目：國家計委高技術產業化示範工程“吉大正元企業團體貿易電子商務系統JIT-B2B產業化”、“WPKI關鍵技術及產品產業化”項目、2004年信息安全專項“SJY76證書服務器密碼機”項目和“信息安全***性技術國家工程研究中心”。國家科技部“十五”計劃863應急項目“吉大正元電子證書及應用系統”和863計劃項目“交叉認證技術的研究與開發”、中小企業技術創新基金“吉大正元具有安全機制的電子商務系統”和“吉大正元掛號電子郵局系統”、國家級火炬計劃項目“吉大正元JIT Keeper分布式文件監控系統”。國家移動通訊產品研究開發專項部分“WPKI網關平臺與移動終端WAP軟件專項研究項目”、電子工業基金項目“電子證書認證系統”、“基於智能卡的數字認證系統”及“NC電子政務平臺項目”等。