由於土地退化與全球環境變化密切相關，全球環境基金也資助預防和控制土地退化的活動。森林的破壞和水資源的退化威脅到生物多樣性，引發氣候變化，破壞水循環系統。考慮到《防治荒漠化公約》的目標，全球環境基金的許多項目將上述四個領域結合起來，以解決土地退化問題。全球環境基金(全環基金)在2002年成員國大會上修訂了其總規則，並將土地退化作為其新的關鍵供資領域。
持久性有機汙染物(POPs):全球環境基金(GEF)被指定為新簽署的《關於持久性有機汙染物的斯德哥爾摩公約》的臨時供資機制，並開展了壹些相關工作。全球環境基金(GEF)在2002年成員國大會上修訂了其總規則，將持久性有機汙染物作為其新的重點資助領域。
多個領域:2000年，全環基金通過了壹項新的業務計劃:OP12，以支持綜合生態系統管理。