1、采取的制度不同。聯邦基金采取的是經紀商制度；回購協議主要采用做市商制度。
2、定義不同。聯邦基金是指在美國聯邦儲備系統中，成員銀行在聯邦儲備銀行的存款賬戶的余額中可以立刻使用的金額；回購協議是指通過出售金融資產獲得資金的同時，確定壹個在未來某壹時間、按壹定價格購回該項資產的協議。