農業部負責制定有關的政策法規，指導農村合作基金會的管理和發展。地方農業行政部門為農村合作基金會的主管部門。中國人民銀行依法對農村合作基金會的業務活動進行監督，並會同農業行政部門對違反規定辦理存貸款業務的行為進行處理。