2010年12月3日，壹基金在深圳落地，獲深圳市民政局批準，正式成立深圳壹基金公益基金會。自此，壹基金擁有了獨立從事公募活動的法律資格。 深圳壹基金註冊原始基金為5000萬元，發起機構為上海李連傑壹基金公益基金會、老牛基金會、騰訊公益慈善基金會、萬通公益基金會及萬科公益基金會，每家發起機構出資1000萬元。深圳壹基金理事會由十壹人組成（李連傑、周其仁、王石、柳傳誌、馬蔚華、馬雲、馬化騰、牛根生、馮侖、周惟彥、楊鵬），監事由四人組成（劉東華、宋立新、馬宏、張敏）。周其仁擔任深圳壹基金理事長和法人代表，王石擔任執行理事長，馬宏擔任監事長，楊鵬擔任秘書長。作為壹基金的創始人，李連傑將擔任永久理事。深圳壹基金即是獨立的法人機構，同時也是“紅十字會壹基金計劃”及“上海壹基金”的延續與發展，將嚴格按照國家法律及《章程》進行治理，理事會是決策機構，秘書處是執行機構。深圳壹基金於2011年1月11日召開第壹屆理事會並正式啟動。