所謂封閉運行是指:(1)合作醫療基金只能在財政部門、經辦機構、定點醫療機構和報銷醫療費用的參合農民之間運行，不能流向其他地方；(2)財政部門、經辦機構和定點醫療機構之間的合作醫療基金轉賬只能使用銀行票據，不能使用現金；二是規範基金運作程序。個人資金按年征收，按照壹村壹鄉壹縣的流程征收，存入專項基金賬戶；地方財政支持資金由地方各級財政部門根據實際參合人數撥付到試點縣(市)專項資金賬戶；第三是資金的合理使用。各縣(市)根據資金總量，結合本地實際，科學合理確定新農合基金的支付範圍、支付標準和金額，確定常規體檢的具體檢查項目和方法，防止基金超支或多余。第四，建立和完善了財務管理和會計制度。本基金的會計機構設在經辦機構，人員應按《會計法》的要求由經辦機構聘用，以保證會計人員的素質，並遵循回避制度。按照新型農村合作醫療基金會計核算辦法進行日常財務管理。五是加強資金使用監管。經辦機構定期向合管委報告資金使用和收支情況，並通過張榜公布的方式向社會和參合農民公布費用補償情況，保證農民的知情權和監督權。