國家自然科學基金的經費發放是基於申請人的科學研究水平和專業能力進行審查和評審的。申請者需完成壹定的申請程序，包括提交研究所需要的文件等步驟。經過審查評審，符合條件者可獲得國家自然科學基金的經費支持。
經費的使用必須全部用於科學研究的領域，支持科學家在實驗室或者自然科學研究過程中所需要的各種資源，支持對發現和研究自然界難以接觸的知識進行探索，支持基礎理論研究，以及支持新技術的研發。