創新基金圖標以金鑰匙、兩片藍葉和科技型中小企業技術創新基金為基本元素，通過藝術設計表現出兩個花蕾手持壹把金鑰匙的圖形。創新基金logo上方的金鑰匙由C、T、E三個英文字母組成，通過藝術化改造而成。c、T、E不僅體現了創新基金的宗旨——培育中國科技企業，促進高科技成果轉化；同時，說明科技型中小企業應該是資本、技術和企業家(資本、技術、企業家)的最佳集合。由字母C、T、E組成的金鑰匙寓意著創新基金是國家支持科技人員創新創業的起步階段，也是中小科技企業開啟成功之門的有力助力。圖標底部兩片藍色的葉子看起來像雙手，寓意中小科技企業就像春天的蓓蕾，雖然弱小，但充滿生機；同時也意味著中小科技企業期待得到更多的支持和幫助。
創新基金的圖標標誌著國家創新基金將為我國科技型中小企業的快速發展和國家創新體系建設做出重要貢獻。同時，在國家創新基金的支持和幫助下，科技型中小企業將充滿雄心壯誌和英雄氣概。