青年基金包幹制是確定經費總額，但無需編制明細費用科目預算，科研人員在科研過程中可根據實際經費需求按規定使用和列支，讓科研人員把精力從繁瑣的管理體系中解放出來，讓科研人員把更多的精力投入到科研當中，釋放創新活力。
未實行包幹制前，要求科研人員在課題還未開始前就對未來可能產生的支出進行詳細測算，編制不同費用科目的預算，計劃好費用要花在什麽地方、怎麽使用，並要求後續費用使用時候也嚴格按照預算進行使用。
這種缺乏彈性的預算管理方式，不符合科研工作不斷變化、探索未知的現實情況，增加科研人員的負擔。
包幹制的措施：
1、將直接費用中除設備費外，其他科目費用調劑權全部下放給項目承擔單位。
2、在差旅費的報銷上，提出“科技、教育部門適時選擇部分高校和科研院所探索開展國內差旅費報銷改革試點，允許項目承擔單位對國內差旅費中的夥食補助費、市內交通費和難以取得發票的住宿費實行包幹制”。
3、在間接費用的管理上，明確“改革間接經費預算編制和支付方式，不再由項目負責人編制預算，由項目管理部門（單位）直接核定並辦理資金支付手續，資金直接支付給承擔單位”。