1、代征機構應當按照規定將代征基金手續費的收入和支出分別列入收支明細表，明確標註為代征基金手續費。
2、代征機構應當在納稅申報時，根據稅務機關的要求，按照代征基金手續費的應稅所得額繳納相關的稅款。
3、在納稅申報時，代征機構應當填寫《企業所得稅月(季)度納稅申報表》或《增值稅納稅申報表》，並在相應的欄目中填寫代征基金手續費的相關信息。
4、代征機構應當在納稅申報之前，進行相關的核算工作，以確保納稅申報的準確性和完整性。