為了核算企業年金基金收到的款項，企業年金基金作為獨立的會計主體，應當設置“企業年金基金”和“銀行存款”等科目。“企業年金基金”核算企業年金基金資產的來源和運用，應按個人賬戶余額、企業賬戶余額、凈收入、個人賬戶轉入、個人賬戶轉出、受益人待遇支付等設置相應明細科目。本科目期末貸方余額反映企業年金基金凈值。企業年金基金銀行賬戶主要包括資金賬戶和證券賬戶。資金賬戶包括銀行存款賬戶和結算備付金賬戶，其中銀行存款賬戶包括委托財產托管賬戶和委托投資資產托管賬戶；證券賬戶包括證券交易所證券賬戶和全國銀行間市場債券托管賬戶。
收到企業和職工繳費時，借記“銀行存款”科目，貸記“企業年金基金-個人賬戶余額”、“企業年金基金-企業賬戶余額”科目。