《生態保護補償條例》明確規定，國家通過財政轉移支付方式，對開展重要生態環境要素保護和重要生態功能區生態保護的單位和個人給予補償。當地政府及其有關部門應當及時將補償資金補償給實施生態保護的單位和個人；地方政府統籌使用的資金要優先用於自然資源保護、生態環境治理和恢復等。
同時，鼓勵、引導和推動生態效益區和生態保護區人民政府通過協商等方式建立生態保護補償機制。中央財政和省級財政可以對生態功能特別重要地區的跨區域生態保護補償給予引導和支持；補償機制建設取得顯著成效，國務院發展改革、財政等部門可以在規劃、資金、項目安排等方面給予適當支持。
《生態保護補償條例》也明確，充分發揮市場機制作用，鼓勵社會力量和地方政府按照市場規則，通過購買生態產品和服務等方式開展生態保護補償。鼓勵和引導社會資金建立市場化生態保護補償基金，依法有序參與生態保護補償。生態保護補償應當依法及時公開，資金的管理和使用應當依法接受審計機關的審計監督。