1賬戶資金來源不同:醫保統籌基金賬戶資金來源於企業繳納的醫保費用和城鎮居民醫保費用；醫療保險個人賬戶的資金來源於職工醫療保險中職工個人繳納的部分。
2功能不同:醫保統籌基金用於醫保定點醫院就醫報銷，只能用於住院報銷，不能用於藥店購藥報銷；個人賬戶中的資金可主要用於在醫保定點藥店購藥，醫保統籌基金以外需要個人支付的醫療費用可由用戶的醫保個人賬戶支付。
3報銷比例不同:醫保統籌基金的報銷是成比例的，根據醫療醫院的級別會有所不同，城鎮居民醫保和職工醫保的報銷比例也不同。城鎮居民醫保有起付線；醫保個人賬戶裏的資金，只要在醫保藥店購買，在門診治療，就可以隨意使用，沒有使用門檻的限制。