北京大學、上海交通大學、廈門大學、新疆財經大學、浙江大學、中國石油大學（北京）、中國人民大學、加拿大國際委員會、加拿大皇家軍事學院、孔子學院
江蘇省哲學社會科學界聯合會、上海交通大學國家戰略研究中心、太平洋區域經濟發展研究會、山東大學儒學高等學院、海權戰略與國防政策研究所、中華炎黃文化研究會、美國哥倫比亞大學地球研究所、美國華盛頓喬治城大學伯克利（世界對話）中心 聯合國糧食與農業組織、塞爾維亞國際關系與可持續發展研究中心、美國國家亞洲研究局、美國全球安全分析研究所、美國能源安全委員會、美國華盛頓戰略與研究中心、日本能源經濟研究所、臺灣國策研究院、中國人民外交學會、美國能源咨詢署、日本防衛省防衛研究所、江蘇省區域發展研究所
中華能源基金委員會還與中國、美國、加拿大、德國等多國政府機構及政府咨詢研究機構建立了密切的合作關系。