根據中小企業和項目的不同特點，創新基金分別以貸款貼息、無償資助、資本金投入等不同的方式給予支持：
（壹）貸款貼息：對已具有壹定水平、規模和效益的創新項目，原則上采取貼息方式支持其使用銀行貸款，以擴大生產規模。壹般按貸款額年利息的50%-100%給予補貼，貼息總額壹般不超過100萬元，個別重大項目最高不超過200萬元。
（二）無償資助：主要用於中小企業技術創新中產品研究開發及中試階段的必要補助、科研人員攜帶科技成果創辦企業進行成果轉化的補助。資助數額壹般不超過100萬元，個別重大項目最高不超過200萬元，且企業須有等額以上的自有匹配資金。
（三）資本金投入：對少數起點高、具有較廣創新內涵、較高創新水平並有後續創新潛力、預計投產後具有較大市場需求、有望形成新興產業的項目，采取資本金投入方式。資本金投入以引導其他資本投入為主要目的，數額壹般不超過企業註冊資本的20%，原則上可以依法轉讓，或者采取合作經營的方式在規定期限內依法收回投資。具體辦法另行制定。