特殊疾病住院和門診治療的結算程序:1。定點醫療機構應於每月10日前將上月出院患者的費用清單、住院清單及相關材料報醫保經辦機構，醫保經辦機構審核後作為月度預撥和年終決算的依據；二、醫療保險經辦機構每月預撥上月的住院和特殊疾病門診統籌費；三、被鑒定患有特殊疾病的參保人員，應當到勞動保障部門指定的定點醫療機構就醫、購藥，所發生的醫療費用直接入賬，即時結算。四。急診結算程序:被保險人因急診搶救到市內非定點醫療機構和異地醫療機構發生的醫療費用，先由個人或單位先行墊付。急診搶救結束後，醫療保險經辦機構憑急診病歷、檢查、化驗單、發票、醫療費用明細清單按規定辦理報銷手續。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第二十九條，參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。