根據《醫療救助管理辦法》，救助基金可以直接向醫療機構或藥店支付救助對象的醫療費用。救助對象可通過提供醫療救助申請表、醫療費用清單、診斷證明等相關證明材料，向救助基金申請救助。救助基金會根據救助對象的情況和救助政策，直接向醫療機構或藥店支付相應費用。所以救助基金可以直接支付三者。