廣東省自然科學基金經費主要來源於省財政預算撥款，同時依法接受國內外社會團體、機構和個人的捐贈。廣東省自然科學基金面向廣東，主要資助廣東省經濟、社會發展的應用基礎研究，部分資助自然科學基礎研究、應用研究和基礎性工作。