國務院批準成立國家自然科學基金委員會2月1986，14。國家自然科學基金委員會根據國家科技發展的方針、政策和規劃，有效利用國家自然科學基金，支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用，發現和培養科技人才，推動科技進步和經濟社會協調發展，逐步形成和發展了研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列。堅持以創新能力建設為主線，以培養和造就大批創新人才為核心，以創新環境建設為重點，以機制和制度創新為保障，不斷提高國家自主創新能力，建設創新型國家。
20世紀80年代初，為推進我國科技體制改革，改變科研經費分配方式，中國科學院89位院士上書黨中央、國務院，建議設立國家自然科學基金，得到黨中央、國務院批準。