廣義上講，終未期肺部病變都是肺移植的適應證。而目前臨床上最常見的是肺氣腫、肺纖維化、肺囊性纖維化、α1抗胰蛋白酶缺乏癥、支氣管擴張癥和某些職業病等。肺癌原則上不是肺移植的適應癥，某些肺部惡性度很低的腫瘤和僅僅累及壹側肺的肺泡細胞癌偶爾也可成為肺移植的適應證。
接受肺移植手術在住院期間的總費用30-40萬元，術後需要長期服用抗排異的藥物，根據藥物的品種不同，每年藥費3-4萬元。