預算單位按照批準的用款計劃向財政支付機構提出申請，經支付機構審核同意後在預算單位的零余額帳戶中向收款人支付款項，然後通過銀行清算系統由零余額帳戶與財政集中支付專戶進行清算，再由集中支付專戶與國庫單壹帳戶進行清算。在國庫集中支付方式下，由於銀行間的清算是通過計算機網絡實時進行的，因而財政支付專戶和預算單位的帳戶在每天清算結束後都應當是零余額帳戶，財政資金的日常結余都保留在國庫單壹帳戶中。