其中技術部由學校部分院系的專家教授組成，財務部設在學校黨委研究生工作部，辦公室設在學校青少年科技創新基地。
專家委員會由壹般常年顧問和特邀顧問組成，均為學校相關院系的專家教授。其中，常年顧問3名，任期3年；六名特邀顧問，任期壹年。年度邀請顧問名單應在上半年項目集中評審前壹個月確定。
創新基金工作分為集中評審和日常工作兩部分。管理委員會主要負責創新基金的日常工作管理和每年兩次的集中評審管理。專家委員會每半年集中工作壹次，工作內容包括:評估新項目前對以前資助的項目進行半年壹次的例行檢查，評估鑒定半年來已完成的項目，評估新申請的項目。年度集中評審由基金管理委員會和專家評審委員會完成。
在基金的日常工作中，基金管委會技術部主要負責各項目相關研究方面的審批和項目季度報告的例行檢查；財務部負責基金的會計管理和具體收支；辦公室負責基金管理委員會的日常工作，承擔項目的研究生和導師的日常管理，基金管理委員會的內部協調、對外合作和宣傳工作。