健康公益聯盟下設秘書處,設秘書長1名,副秘書長若幹。具體負責聯盟各項事務的統籌協調和日常管理。同時,聯盟秘書長兼任健康教育誌願者服務指導中心主任負責管理下設的 “健康教育誌願者服務站”和“健康教育誌願者服務隊伍”。上海協申聯合企業大學健康管理學院負責健康教育誌願者和服務站的專業指導,上海協申聯合企業大學公益創新學院和上海雙平慈善基金會負責健康教育誌願者服務隊伍的業務指導。
健康公益聯盟每年舉辦健康關愛計劃活動和3+4+365健康教育公益行活動,年終將舉行優秀社區健康教育誌願者服務站和優秀健康教育誌願者的評優活動,並在主流媒體刊登公示。