深圳壹基金的成立，是《民政部、深圳市人民政府推進民政事業綜合配套改革合作協議》的具體落實，是民政部門倡導社會公益慈善創新的重要試點。2009年7月20日，國家民政部與深圳市人民政府簽訂上述合作協議，同意深圳市在民政改革方面發揮先行先試作用。民政部壹些重大的改革項目和措施在深圳市先行試驗，對深圳市有條件、有基礎、有能力做好的民政改革事項單獨安排先行先試工作，並提出具體的改革目標和支持措施。民政部通過調研、商議、辦理、總結推廣等方式積極參與，支持深圳市民政部門充分發揚敢為人先的首創精神，大膽進行改革試驗，創造性地開展工作，努力實現民政工作的多項改革，取得重點突破效果。通過不斷推進社會體制改革，動員、保護和發揮社會公益慈善的精神和力量，擴大社會公益資源和能量，促進公益慈善事業發展，促進社會的穩定與和諧。
深圳壹基金是壹基金的歷史發展，是大家***同的創造，過去是壹家人，今後也是壹家人，壹起努力，把壹基金的事業推向新的歷史臺階。