1、費用分攤不均：縣域醫***體醫保基金總額付費模式，是將醫保基金的預算總額按照設定的比例分配到各個縣域內的醫療機構，存在不同醫療機構之間的費用分攤不均的問題。壹些醫療機構因為規模和能力等方面的原因，會獲得較多的醫保基金，而另壹些醫療機構則可能會因為各種原因而獲得較少的醫保基金，這可能會影響到醫療機構的經營和服務質量。
2、診療行為的影響：縣域醫***體醫保基金總額付費模式，可能會影響到醫生的診療行為。由於醫生的收入與醫保基金的使用有關，醫生可能會更傾向於選擇壹些高價的醫療服務，而忽略壹些相對較低價的醫療服務，這可能會導致醫療資源的浪費和不合理的醫療行為。