1、職責範圍不同，醫保內審稽核科壹般屬於醫保部門，主要負責對醫保支付進行內部審計和稽核，包括審核醫療機構的收費單據、醫保報銷資料等，防止虛假報銷和超標報銷等問題的發生，確保醫保基金使用的合法性、規範性和經濟性。
2、工作重點不同，醫保內審稽核科的工作重點主要是醫保支付的內部審計和稽核，如對醫療機構的收費單據、醫保報銷資料等進行審核和診斷代碼的規範化管理等，其目的是為了防止虛假、重復或過高的醫療費用報銷，保障醫保基金的合理使用。