基金項目的評審壹般按照初審、同行專家評議、專家評審組或專業委員會評審的程序進行。自然科學基金委科學部負責申請項目的初審。有下列情況之壹者，不予繼續評議和評審：
1、申請者不具備申請資格或違反了自然科學基金委的有關規定；
2、申請手續不完備或申請書不符合要求；
3、申請項目主體內容不符合國家自然科學基金資助範圍或申請經費超出基金項目資助能力；
4、申請者以往獲資助項目執行不力。
同行評議是指同行評議專家對申請項目的創新性、研究價值、研究目標、研究方案等做出獨立的判斷和評價，壹般采取通訊評議方式。
申請者可提出不超過三位不宜評議其申請項目的同行評議專家（須註明所屬單位、並說明理由，供遴選同行評議專家時參考。自然科學基金委科學部對此信息保密。
自然科學基金委負責組建專家評審組或專業評審委員會，其成員除具備同行評議專家的基本條件外，還應具有較強的戰略意識和較廣的知識面。專家評審組或專業評審委員會在同行評議的基礎上提出項目資助建議或審定資助項目；參與學科發展戰略和項目指南的制訂；對基金管理工作等進行咨詢。專家參加評審工作時不代表部門和單位，應自覺維護科學基金評審工作的科學性和公正性。
在專家評議評審的基礎上，自然科學基金委委務會議對不同層次、不同類型的項目或資助方案予以批準或授權批準，自然科學基金委兼職專家在任期間申請的項目須專門審查批準。