清華大學醫學院成立於2001，2009年開始招收首屆八年制“醫學藥學實驗班”學生。2013改為招收“醫學實驗班”，培養具有創新能力和科研能力的新壹代醫生和科學家，而北京協和醫學院主要培養優秀的臨床醫生。他們是兩個不同的實體。北京協和醫學院的預科在清華大學生命科學學院。
北京協和醫學院官網使用北京協和醫學院和中國醫學科學院的名稱。學院也可以使用“北京協和醫學院-清華大學醫學部”作為第二名稱，學校仍然是獨立法人。
擴展數據:
學院開設了20多門高水平的專業基礎課和專業課，其中5門被建設為“清華大學精品課程”。獲北京市1教學成果獎，清華大學6項教學成果獎。編寫出版教材和專著20余部，其中“北京市高等教育優秀教材”2部，“十壹五”國家規劃教材1部。
截至目前，基礎醫學部已有2位教授獲得牛頓高級學者稱號，3位教授獲得生命科學譚獎，1位教授的科研成果獲得國務院頒發的國家科技進步二等獎，1位教授的科研成果獲得教育部自然科學獎二等獎，等等。在過去的五年中，基礎醫學系的教師在國內外獲得了40多個獎項。
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