新型農村合作醫療基金根據補償模式分為住院統籌基金和門診統籌基金。
住院統籌基金：用於支付參合農民住院醫療費用補償（包括計劃內生育產婦住院分娩定額補償、住院單病種定額補償等）。
門診統籌基金：主要用於參合農民門診醫藥費用補償，也可適當用於開展健康體檢。
具體補償方案由市級新型農村合作醫療管理部門制定。門診統籌基金堅持“總量控制、量入為出、超支不追加、結余轉下年”的原則，實行“專款專用、專賬管理”的辦法進行管理。