深圳壹基金”理事會由十壹人組成（馮侖、李連傑、馬化騰、馬蔚華、馬雲、牛根生、柳傳誌、王石、楊鵬、周惟彥、周其仁），監事由4 人組成（劉東華、馬宏、宋立新及張敏）。周其仁擔任理事長和法人代表，王石擔任副理事長及管理委員會主席，楊鵬擔任秘書長。2010年12月3日，深圳市民政局正式批準了深圳壹基金的註冊。“深圳壹基金”將嚴格按照國家法律及《章程》進行治理，理事會是決策機構，秘書處是執行機構。“深圳壹基金”於2011年1月11日召開第壹屆理事會第壹次會議並正式對外公布。