但公司私募基金的主要不足是重復征稅,即公司需要繳納各種企業所得稅,而投資者分紅要繳納個人所得稅。這在壹定程度上不僅抑制了股東的投資熱情,也限制了股份制投資公司的規模效應。
對於大型私募基金來說,如果采用專門的賬戶進行操作,由於風險較大,很難得到投資者的認可。這樣他們往往要采取公司制的形式,所以運營成本比較高。目前,這種公司制私募基金實際上面臨著雙重征稅的問題:既要繳納25%的企業所得稅,同時在分紅時還要繳納個人所得稅,作為公司還要面臨年檢等壹大堆麻煩。顯然,這部分私募基金的運營成本遠高於公募基金。