財政專項資金是高校財務管理的重要組成部分，對改善民辦高校的設施和實力，從而促進民辦高校財務管理的穩定發展具有重要作用。
不同資金來源的公立學校由國家撥款，辦學經費大部分來自政府；而民辦學校則是靠自籌資金，辦學資金主要來自企業。
民辦高校的資金大部分來源於學生的學費，但各省根據不同的經濟條件設立了民辦高校發展專項資金，即在學校建設中，壹部分自籌，壹部分由省財政負擔。此外，民辦高校在參與國家項目、社科基金、自然科學基金等方面也會有資金支持。