資金來源於會費、交易征費、借款和政府撥款；
盡管各國(地區)投資者保護基金的具體設計不盡相同，但其基本性質均為行業互保基金，即以作為基金管理組織會員的證券經營機構的分推出資構成基金的主體，相當於讓所有會員證券公司為其客戶聯合投保，又聯合承保。因此，會員的會費分攤構成投資者保護基金的主要來源。從各證券市場的實踐看，會費的征收方式包括初始會費、年費、臨時性追加會勢等。征收標準更是多種多樣，包括以資產規模為基準、以客戶數目為基淮、以利潤額為基準、根據經營範圍不同區別對待、根據會員的經營管理水平和風險水平進行調整等，基本原則是權利與義務相匹配。