納入預算管理的政府性基金管理總的原則是:基金全額納入預算管理，實行收支兩條線，收入全額上繳國庫，資金先收後支，專款專用；在預算中單獨編制，自行平衡，結余結轉下年繼續使用。
基金預算級次分為中央基金預算收入、地方基金預算收入和中央與地方基金收入。新的調整前，有關收入的劃分暫按原規定執行，即屬於中央的收入仍視同中央基金預算收入；屬於地方政府的收入仍作為地方基金的預算收入；作為中央和地方享受的收入，還是中央和地方享受的收入。
地方財政部門按照國家規定收取的各項稅費附加費，按照國務院[1996]29號文件要求納入地方財政預算後，作為地方政府的基金收入，預算級次為地方預算收入。