1、管理機構不同：國管公積金由中央國家機關住房資金管理中心統壹監管，主要面向中央國家機關及在京單位員工。市管公積金則由各市住房公積金中心分別管理，覆蓋地方企事業單位職工。
2、使用範圍不同：國管公積金具有跨地區使用的靈活性，如鐵道部員工可在多地使用。市管公積金則限於本地使用，範圍相對固定。
3、貸款政策不同：國管公積金貸款辦理時間通常較長，需要45天至60天。市管公積金則較為迅速，貸款辦理時間在30天至45天之間。
4、準備證件不同：國管公積金貸款除常規證件外，還需提供單位收入證明。市管公積金則無需此證明，簡化流程。
5、還貸方式不同：國管公積金提供等額本金和等額本息兩種還貸方式。市管公積金則采用更為靈活的自由還款方式。
6、信用評級不同：市管公積金設有個人信用評級系統，有助於提升貸款額度。國管公積金則未設立此類評級系統。