其風險主要來自資金來源和內部管理。因為是民間組織，沒有固定的財政撥款，資金都是自己籌集和捐贈的。所以存在配套項目資金鏈斷裂的風險。同時，也是非政府組織的性質決定了其管理存在隨意性的可能性。制度是否健全，賬目是否清晰，資金流向的合理性也是風險的重要方面。受益人壹旦啟動項目，如果基礎管理不到位，將直接影響資金的供給和資金以外的壹些條件的滿足。
農村信用社是銀行業金融機構，其資金來源主要是合作社成員繳納的股份、留存的公積金和吸收的存款；貸款主要用於解決其成員的資金需求，按照國家法律和金融政策的規定組織和調劑農村資金，支持農業生產和農村綜合開發，扶持各種形式的合作經濟和成員家庭經濟，限制和打擊高利貸。
其風險主要來自組織管理和文化差異。由於經營對象是合作社成員，多為個人，雖然經營程序簡單靈活，但組織管理難度大，尤其是我國農民不習慣被管理，需要更多的精力對其進行宣傳教育。同時，中國幾千年的歷史沈澱造成農民在文化上有不良習氣，如不註重信譽、隨意終止合作、散漫等，這些都對信用社組織的資金來源構成信用風險。