氯化銨、氯化鉀等肥料含有氯離子，施入土壤後會產生水溶性氯化物，不利於種子萌發和幼苗生長。硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，不適合做種肥。
(2)對種子有腐蝕作用的肥料。
碳酸氫銨有腐蝕性，易揮發，過磷酸鈣中含有遊離硫酸和碳酸，兩者對種子都有很強的腐蝕作用。如果必須用作種子肥料，應避免與種子接觸。碳酸氫銨可施於播種溝下或與種子隔開的某壹土層中，或過磷酸鈣與土壤雜肥混合施用。
(3)對種子有毒的肥料。
在尿素的生產過程中，經常會產生少量的縮二脲。當含量超過2%時，會對種子和幼苗產生毒害。