福建小型水庫移民扶助基金按季征收，別的地區小型水庫移民扶助基金有按月、按季、按半年、按年繳納，具體入庫時間各地規定不完全相同。
廣東規定在每月15日前，將征繳的扶助基金及時足額上繳省國庫;遼寧、浙江、福建、河南、湖南等省市規定每季度首月15日前繳納上季度基金;重慶規定上半年7月10日前，下半年12月20日前繳納。