工傷治療期間公司墊付醫療費用的，結算費用中包含醫療費用的，從其扣除。根據《工傷保險條例》第三十條的規定，工傷職工符合規定標準的醫療費用，由工傷保險基金支付。工傷事故屬於突發事件，不可能在治療和搶救過程中完成工傷認定。壹般需要先行墊付醫療費用，待工傷認定後再進行申報結算。如果工傷待遇期間公司墊付了醫療費用，但出院時未與社會保險經辦機構結算，後與社會保險經辦機構結算，社會保險經辦機構與其他賠償費用結算的，支付的費用包含醫療費用，應由用人單位扣除。應該有社會保險機構支付的賠償費用清單，工傷職工可以要求用人單位出具清單，查看是否包含醫療費用。
工傷保險是指勞動者或者其遺屬在工作中遭受意外傷害或者患職業病，或者在規定的特殊情況下，導致暫時或者永久喪失勞動能力並死亡，由國家和社會給予物質幫助的壹種社會保險制度。