是自然科學基金委資助格局中的另壹重要部分，主要由國家傑出青年科學基金（含外籍）、海外青年學者合作研究基金、香港、澳門青年學者合作研究基金、創新研究群體科學基金和國家基礎科學人才培養基金組成，包括：
國家傑出青年基金
國家傑出青年基金（外籍）
海外青年學者合作研究基金
香港、澳門青年學者合作研究基金
創新研究群體科學基金
國家基礎科學人才培養基金 聯合基金是自然科學基金委為推動產學研結合，引導其他政府部門或產業界在雙方***同關心的領域或方向上投入經費，支持基礎研究和應用基礎研究，以解決實際應用中的基礎科學問題而***同出資設立的資助類別，旨在加快基礎研究成果的產業化進程，解決產業界需求的關鍵科學問題，有目標地為產業界提供技術儲備，增強企業的自主創新能力，促進企業成為技術創新主體。
聯合基金分為聯合資助基金和聯合資助項目兩種類型，前者是在壹定時間內，每年按照《指南》資助壹批項目，後者是對某壹特定項目***同出資資助。 專項項目是自然科學基金會為專門支持或加強某壹領域或某壹方面而設立的專款資助項目，包括數學天元基金和科學儀器基礎研究專款兩類，其中數學天元基金項目不參加各類項目的限項檢索，科學儀器基礎研究專款項目計入重點項目的限項檢索範圍。