(二)糧食風險基金向糧食購銷企業撥付資金，由糧食購銷企業向糧食主管部門提出申請，糧食主管部門根據省級人民政府制定的補貼政策進行審核，審核後報送同級財政部門，並向糧食購銷企業下達撥付通知， 農業發展銀行根據財政部門的撥款通知，將資金直接撥付到糧食購銷企業賬戶。 有條件的地方，糧食購銷企業也可以直接向財政主管部門提出申請，報糧食主管部門審核。
(三)財政主管部門必須在收到糧食主管部門或糧食購銷企業提交的糧食風險基金補貼申請後10個工作日內下達撥付通知。逾期不發的，必須說明原因。農業發展銀行接到主管財政部門的撥款通知後，必須在三個工作日內將補貼資金全額劃撥到受補貼企業的開戶銀行，並將收款情況通知同級財政部門和糧食部門。農業發展銀行因故不能撥付資金時，必須及時通知同級財政部門和糧食部門，並說明原因。
(四)財政主管部門收到糧食主管部門或糧食購銷企業提交的申請後，未在規定工作日內發出撥付通知，且無正當理由的，省農發行將從糧食風險基金專戶中直接將申請補貼金額的80%劃入應享受補貼企業的開戶銀行，撥付後通知省財政部門。
(五)糧食風險基金撥付給企業後，按政策應由企業享受的補貼資金由企業用於經營發展，任何單位和個人不得以任何借口提取。