學校不斷強化科研的先導地位，加大科研投入，加強科研工作的激勵和引導，科研水平不斷提高，取得了豐碩的科研成果。近五年來，承擔科研課題 520 項，其中，承擔國家社科基金、自然科學基金項目、教育部項目等國家級項目 32 項，財政部、山東省項目 267 項，教育廳項目 90 項；獲社科、科技成果獎 143 項；出版專著 44 部，其他編著、教材等 154 部，在國內外學術刊物上公開發表學術論文 2885 篇。《山東財政學院學報》是山東省和華東地區優秀期刊。學校重視加強學術團隊建設，組建各類研究機構 23 個，並承擔了山東省經濟學會、山東省管理學會、山東省應用統計學會、山東省青年社會科學工作者協會等省級學術團體秘書處的日常工作。
2011年5月，教育部致函山東省人民政府，同意該學院與山東經濟學院合並籌建山東財經大學，籌建期限為1年。