政府為拯救許願樹做了大量工作，但由於許願樹受損嚴重，盡管盡了最大努力保護，仍沒有恢復的跡象。專家們對許願樹進行了考察，知道沒有新的氣根可以“生根”，買的綠葉也很少，便斷定許願樹已經無法重拾陰影和深根，進入了衰老期，5到10年就會枯死。2008年，經過近三年的急救，許願樹大病初愈，開始具備長出新葉和新氣根的能力。
2008年，“香港人、香港樹、香港情”選舉由新成立的團體慈善基金和綠色力量聯合舉辦。經過近三個月的投票，大埔林村的許願樹最終以2286票當選“香港人的榕樹”。
春節期間，民政事務總署會派出更多義工及制服團體，勸諭市民不要向樹上拋寶。如果多次勸說無效，警方會以扔寶、輕信罪名起訴。