1.指數規模:中證1000指數包括a股市場上規模較大的1000家公司，中證2000指數包括排名在1000-3000之間的2000家公司。
2.中證1000指數的成份股是以流通市值和交易金額為基準選出的1000家公司，而中證2000指數的成份股是以排名在1000-3000之間的公司為基準，再根據市值、交易量等因素選出前2000家公司。
3.行業分布:中證1000指數涵蓋的行業範圍更廣，包括工業、能源、消費、醫療、科技等，而中證2000指數則更偏向於中小企業和新興產業、軟件、計算機、電子等行業。