各級人力資源社會保障部門要切實履行新農保基金的監管職責，制定完善新農保各項業務管理規章制度，規範業務程序，建立健全內控制度和基金稽核制度，對基金的籌集、上解、劃撥、發放進行監控和定期檢查，並定期披露新農保基金籌集和支付信息，做到公開透明，加強社會監督。財政、監察、審計部門按各自職責實施監督，嚴禁擠占挪用，確保基金安全。試點地區新農保經辦機構和村民委員會每年在行政村範圍內對村內參保人繳費和待遇領取資格進行公示，接受群眾監督。
建立健全新農保基金財務會計制度。新農保基金納入社會保障基金財政專戶，實行收支兩條線管理，單獨記賬、核算，按有關規定實現保值增值。試點階段，新農保基金暫實行縣級管理，隨著試點擴大和推開，逐步提高管理層次；有條件的地方也可直接實行省級管理。