國家自然科學基金間接費用是指依托單位在組織實施項目過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用，主要用於補償依托單位為了項目研究提供的現有儀器設備及房屋，水、電、氣、暖消耗，有關管理費用，間接費用，以及績效支出等。